با اشغال پست رياست جمهوری توسط احمدی نژاد، نظاميان جمهوری اسلامی بر هر سه قوه نظام و دستگاهها و نهادهای تابعه آنها دست بالا پيدا کردند. شکست هاشمی رفسنجانی از احمدی نژاد تا اندازه ای بيانگر شکست روحانيت از نظاميان در نظام حاکم است. البته حساب آن اقليتی از روحانيون حاکم که فعلا متحد نظاميان اند، يعنی خامنه ای، مصباح و جنتی و غيره که با تکيه به قدرت و نفوذ روحانيون برسرکار آمده اند اما حالا متحد نظاميان به شمار می روند و از اکثريت روحانيت بريده اند جدا است.
محافل نظامی امنيتي( بسيج، سپاه و گروههای فشار وابسته) در نخستين سالهای پس از مرگ خمينی مهمترين وسيله تحکيم حاکميت روحانيون جمهوری اسلامی به رهبری خامنه ای بودند. خامنه ای در همه سالهای گذشته با تکيه مستقيم بر همين محافل، مخالفان سياسی و رقبای روحانی خود را ساکت و سرکوب کرد. اين روند گام به گام به ميدانداری نظاميان و سازمان های امنيتی موازی در جمهوری اسلامی انجاميد. سهيم شدن اين محافل درامور سودآور و بدون حساب و کتاب اقتصادی، اين نيرو را به يک قدرت بدون رقيب نظامی اقتصادی تبديل کرد. همراه با اين دگرگونی ها سهم خواهی سياسی محافل نظامی افزايش يافت. خامنه ای درسالهای گذشته مدام از اين محافل جاه طلب و نيرومند برای مهار اصلاح طلبان، محدود کردن قدرت روحانيون طرفدار منتظری و يا رقبای روحانی خود در قدرت (مثلا هاشمی) بهره گرفت و به موازات آن خود نيز تا اندازه ای در محاصره اين نيرو قرار گرفت. اينک به نظر می رسد که محافل نظامی امنيتی جمهوری اسلامی که زمانی برای خامنه ای تکيه گاه و وسيله سرکوب به شمار می رفتند، حالا چنان دست بالا را در حاکميت پيدا کرده اند که می شود گفت اين خامنه ای و مصباح و جنتی هستند که به وسيله ای در دست اين نيروها برای به حاشيه راندن رقبای حکومتی آنان تبديل شده اند. اگر چنين باشد می توان گفت که روحانيون در نبرد قدرت با نظاميان بازی را باخته اند و جمهوری اسلامی می رود که به يک حکومت نظاميان اسلام گرا تبديل شود هرچند که البته هنوز جنگ قدرت نظاميان و روحانيون در نظام حاکم پايان نيافته است. نگرانی از سلطه کامل نظاميان و کنار گذاشته شدن روحانيت درماههای پيش از انتخابات نهم سبب شده بود که اکثريت عظيم روحانيون وابسته به حکومت به هاشمی نزديک شوند و بکوشند تا با نشاندن وی بر صندلی رياست جمهوری از غلبه کامل نظاميان جلوگيری کنند. اما نظاميان با همکاری خامنه ای و مصباح و جنتی و گسيل نيروی بسيج و پاسداران به سوی صندوق های آرا اين حرکت روحانيون نظام را سد کردند. حالا هاشمی رفسنجانی با وجود شکست در انتخابات به يگانه اميد روحانيون و اصلاح طلبان حکومتی برای سد کردن روند غلبه قطعی و دائمی نظاميان تبديل شده است. آنها با وجود شکست در نبرد انتخابات اميدوارند که در جنگ همه جانبه قدرت به نوعی اين شکست خود را جبران کنند. می توان گفت که نبردهای قطعی و تعيين کننده ديگری ميان روحانيون و نظاميان در پيش است و نظام جمهوری اسلامی با بحران های عميق سرنوشت سازی رو به رو شده است. بعيد نيست که اين نبردها به مسلط شدن همه جانبه نظاميان و تبديل تدريجی جمهوری اسلامی به حکومتی نظير پاکستان و يا حکومت صدام در عراق بيانجامد.